La chapelle est construite en 1269 dans un vaste enclos pour l’ordre des chevaliers hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem et agrandie dès 1351. Vers 1500, Marc Oeler, commandeur de l’ordre fait accoler une chapelle latérale. Il est également à l’origine, vingt ans plus tard, de travaux l’embellissement, par l’exécution des peintures murales figurant des scènes de la vie de Saint-Jean-Baptiste, patron de la commanderie, ainsi que de la Passion du Christ. D’une grande qualité stylistique, elles sont cependant pour la plupart d’entre elles inachevées, de nombreuses scènes étant restées à l’état de dessin avec une pose partielle de la couleur. L’introduction de la Réforme à Mulhouse en 1523, qui provoque le départ des chevaliers de Saint-Jean n’y est peut-être pas étrangère. Après la vente de leurs biens en 1798, la chapelle connaît divers usages (brasserie, atelier de maréchal-ferrant…), avant d’être rachetée par la Ville en 1892 et restaurée. Un musée lapidaire y est installé en 1898, dont on voit quelques vestiges dans le jardin et à l’intérieur de l’édifice.
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